Національний університет «Острозька академія» — наступник першого вищого навчального закладу східнослов’янських народів — Острозької слов’яно-греко-латинської академії. Заснував академію у 1576 році князь Василь-Костянтин Острозький. Велику суму коштів на розбудову академії надала його племінниця — княжна Гальшка Острозька. В основу діяльності Острозької академії було покладено традиційне для середньовічної Європи, однак цілком незвичне для українського шкільництва, вивчення семи вільних наук (граматики, риторики, діалектики, арифметики, геометрії, музики, астрономії), а також вищих наук: філософії, богослів’я, медицини. Спудеї Острозької академії опановували п’ять мов: слов’янську, польську, давньоєврейську, грецьку, латинську. Унікальність та оригінальність цього вищого закладу освіти виявилися й у тому, що тут уперше поєдналися два типи культур: візантійська і західноєвропейська. З Острозькою академією пов’язується ренесанс українського народу.
Свого часу Михайло Грушевський про Острозьку академію висловлювався, що вона у ХVІ-ХVІІ столітті була відома як
«перше огнище нової освіти, нового шкільництва, нового духовного життя».
В острозькому культурному осередку разом з академією постало найпотужніше тогочасне українське видавництво — кирилична друкарня Івана Федорова (Федоровича). Тут побачили світ греко-слов’янський «Буквар» — перший український підручник (1578); Новий Завіт (1580); «Книжка събраніє вєщєй нужнейших...» Тимофія Михайловича — перший в історії кириличної поліграфії покажчик стародрукованих текстів; "Хронологія"(1581) Андрія Римші — перший в Україні друкований поетичний твір; шедевр давньоукраїнської поліграфії, перша повна слов’яномовна "Острозька Біблія" (1581); визначні полемічні праці «Ключ царства небесного», "Календар римський новий«(1587) Герасима Смотрицького, «Апокрисис» Христофора Філарета тощо.
Учень Острозької академії Мелетій Смотрицький написав першу фундаментальну слов’янську «Граматику» (1619), яку М.Ломоносов назвав «вратами своєї ученості».
Викладацькою діяльністю в академії займалися: літератор Дем’ян Наливайко (брат Северина, ватажка козацько-селянського повстання 1593-1596 рр.); грецький вчений та релігійний діяч, випускник Падуанської академії Кирило Лукарис (певний час ректор академії, згодом Олександрійський, а пізніше — Константинопольський патріарх); астроном, математик, доктор медицини, випускник Краківського і Падуанського університетів Ян Лятош; грецький вчений і релігійний діяч Емануїл Мосхопуло; випускник Падуанської академії Никифор Парасхос-Кантакузен та інші. Першим ректором академії був Герасим Смотрицький — видатний освітній та культурний діяч, педагог, письменник-полеміст, поет.
Серед випускників академії — гетьман війська Запорізького Петро Конашевич-Сагайдачний, перший ректор київської братської школи Іов Борецький, лаврський архімандрит Єлисей Плетенецький, письменник Мелетій Смотрицький, автор знаменитої «Палінодії» Захарія Копистенський, відомий церковний і культурний діяч Ісакія Борискович та ін.
Острозька академія припинила своє існування у 1636 році. Однак результати її діяльності не зникли безслідно. Сформований тут тип вищого навчального закладу був перенесений до Києва, звідки поширився до Молдавії та Москви.
Сучасний музей історії Острозької академії є невід’ємною частиною діяльності університету. Експозиція музею побудована за хронологічним принципом і розкриває історію Острозької академії від заснування до сьогодні в нерозривному зв’язку з українською історією та культурою. Враховуючи важливість історії Острога та Острозької академії у розумінні загального розвитку української історії та культури, музей історії Острозької академії покликаний зберегти та популяризувати знання про розвток Острога XVI – поч. XVII ст., діяльність князів Острозьких та їх роль в українській та європейській історії. Крім того, музей займається збиранням та збереженням української культурної та мистецької спадщини, відродженням історії міста Острога від XVI ст. до наших днів.
Музей складається з 7 окремих експозиційних залів, які знаходяться на території університету:
Важливою частиною музейного комплексу Острозької академії є діючий православний студентсько-викладацький храм преподобного Федора Острозького. В структурі музею храм являє собою єдиний експозиційний розділ, який містить 23 ікони XVIII-ХІХ ст. В храмі експонується і унікальна ікона «Христос-Пантократор і святий Стефан», на якій два хронологічно відмінних за часом написання зображення, наклалися дивним чином – композиційно це виглядає так, ніби Стефан затуляє уста Христу. Трагічна та водночас містична історія ікони не залишає байдужим жодного відвідувача музею.
Чи не найбільш містичним та захоплюючим етапом ексурсії є підземелля монастирського костелу 1775-1832 рр., із похованнями.На сьогодні в підземеллях проведено реставрацію приміщень, відновлено зруйновані в ХІХ ст. поховання монахів капуцинів. Під час реставрації та археологічних розкопок в підземеллях було віднайдено останки 19 людей, які були перепоховані в криптах. Таким чином, інтер’єр підземель монастирського костелу наближений до того, яким він був в період функціонування монастиря капуцинів.